В акваріумах, встановлених близько від вікон, вода може набувати зелений відтінок і мутнеть – це ознака бурхливого розмноження одноклітинних водоростей, що відносяться до загону зелених. Явище це називається цвітінням води. При цвітіння води сильно страждають вищі рослини, тому що водорості не тільки затінюють їх, а й поглинають з води необхідні поживні речовини і порушують її газовий баланс. Обмеження кількості світла, що потрапляє в акваріум, уповільнює розмноження зелених водоростей, а повне затінення акваріума на 3-4 дні, як правило, дозволяє позбавитися від них повністю. Допоможе також озонування води.

До відділу зелених водоростей належать багато інших одноклітинні і багатоклітинні водорості, часто поселяються в акваріумах. Світловий день у такому випадку слід скоротити до 10-11 годин. Якщо ж водорості продовжують розмножуватися, потрібно зменшити яскравість освітлення.

Водорості не люблять, коли їх турбують. Тому треба регулярно, краще кілька разів на день, видаляти їх з акваріума пальцями або намотувати на шорстку дерев’яну паличку. Сильному уповільнення зростання водоростей або запобігання їх появи також сприяє добавка вуглекислоти в акваріумну воду.

Позбутися від багатоклітинних зелених водоростей і багатьох інших, можна тільки встановивши правильний режим утримання акваріума, підтримання в ньому біологічної рівноваги. У цьому випадку навіть присутність невеликої кількості зелених водоростей не є свідченням неблагополуччя. Швидше навпаки, це свідчення того, що акваріум міститься правильно і його водне середовище досить чиста.