Водорості відносяться до нижчих рослин. Вони бувають одноклітинними і багатоклітинними, мають різну будову, але всі вони розмножуються спорами. Водорості заносяться в акваріум з живим кормом для рибок, придбаними рослинами, пилом, в якій містяться суперечки.

Коли новий акваріум тільки встановлено, залитий свіжою водою і засаджений рослинами, потрібен час, щоб вони вкоренились і пішли в зростання. Водорості ж адаптуються набагато швидше, і вода зацвітає, як тільки водорості отримають достатньо харчування. Не варто міняти воду, тому що все повториться знову, як тільки вода знову дасть їжу водоростей. Коли вищі рослини рушать на відсоток, вони будуть споживати живильні речовини і, врешті-решт, подавлять розвиток водоростей. Деякі акваріумні рибки (мечоносці, моллінезіі, гуппі, інші пецилієві) з користю для себе поїдають водорості. При порушенні біологічної рівноваги можливо бурхливе розмноження будь-якого виду водоростей.