Залежно від типу і розміру акваріума, а також від видового складу що містяться в ньому риб періодично виникає необхідність в очищенні дна від накопичилися екскрементів, відмерлих частин рослин і залишків їжі.

Видаляти нечистоти простіше за все за допомогою гумового шланга з надітим на нього скляним або металевим наконечником. Гумова трубка повинна бути достатньо пружною, щоб вона не перехилялася на краю скла акваріума. Діаметр трубки повинен забезпечувати такий приплив води, щоб частини з дна про ходили по ній безперешкодно. За допомогою наконечника збирають сміття з усіх ділянок дна. Очищати дно можна і за допомогою спеціального грязечерпателя або гумової груші зі скляним наконечником. Часткову або повну зміну води можна проводити за допомогою того ж шланга.

Вода, наливається в акваріум, повинна бути тієї ж температури, що і перебуває в акваріумі (крім особливих випадків). Натомість випарувавшись води іноді слід додавати дистильовану.

Внутрішні стінки акваріума з часом покриваються нальотом зелених і бурих водоростей. Щоб уникнути сильного заростання необхідно дещо зменшити освітленість.

Як правило, доводиться періодично очищати скла. Це можна робити за допомогою ганчірки або марлі, ще краще вживати лезо безпечної бритви, вставлене в спе соціальне оправу з довгою ручкою. Якщо акваріум виготовлений з органічного скла, то бритву вживати не слід. Дуже зручно користуватися губкою з паралона або паперовій мочалкою. Зовсім не обов’язково очищати всі стекла, цілком достатньо очистити тільки переднє – оглядове.

Боротьба з обростання водоростей на стінках акваріума за допомогою молюсків ( “равликів”) неефективна, тому що молюски зможуть лише покрити скло візерунком виїдені ділянок. Однак що містяться в акваріумах чорні та червоні фізи і рогами котушки, поїдаючи екскременти риб та водорості, здійснюють частина загального циклу обміну речовин в акваріумі. Фізи поїдають бактеріальну плівку на поверхні води. Червоні молюски прикрашають акваріуми. У нерестовищах молюски нетерпимі, тому що вони поїдають ікру риб.

Що стосується молюсків, що потрапляють в акваріум з кормом, то їх треба знищувати, бо багато хто з них служать проміжними хазяями різних паразитичних тварин, що викликають ті чи інші захворювання риб. Помутніння води в акваріумі може бути наслідком загнивання харчових залишків, що особливо часто трапляється при годівлі сухим кормом. У такому випадку потрібно видалити залишки їжі з дна, а при необхідності промити грунт і залити (по можливості) водою, взятої з акваріума зі сталим біологічним “рівновагою”. У деяких випадках доводиться збільшити освітлення акваріума або кількість рослин у ньому.

Іноді поверхню води покривається плівкою різного походження. Профілактичним засобом у боротьбі з нею є скла, що закривають акваріум зверху. Зазвичай в акваріумі, засадженому рослинами, з достатньою кількістю світла при наявності зверху стекол ніяких плівок не утворюється. Якщо ж плівка з’явилася, то для її видалення вживається аркуш паперу, що дорівнює площі поверхні води. Папір акуратно укладають на поверхню води, потім обережно беруть за краї і повільно піднімають разом з прилип до неї плівкою. Дво-триразовим повторенням цієї операції повністю видаляють всі сліди плівки.