Крім синьо-зелених водоростей в акваріумах досить часто зустрічаються бурі водорості.Вони утворюють щільний темно-бурий наліт, що покриває грунт, стінки акваріума, листя рослин, псують зовнішній вигляд акваріума, затінюють листя вищих рослин, порушують їх харчування.

Поява бурих водоростей в акваріумі – ознака недостатності освітлення.Тому основний метод боротьби з цими водоростями – встановлення правильного світлового режиму.

В акваріумах, встановлених близько від вікон, вода може набувати зелений відтінок і каламутніти – це ознака бурхливого розмноження одноклітинних водоростей, що відносяться до загону зелених.Явище це називається цвітінням води.

При цвітінні води сильно страждають вищі рослини, так як водорості не тільки затінюють їх, а й поглинають з води необхідні поживні речовини і порушують її газовий баланс.

Обмеження кількості світла, що потрапляє в акваріум, уповільнює розмноження зелених водоростей, а повне затінення акваріума на 3-4 дні, як правило, дозволяє позбавитися від них повністю. Прекрасні результати дає озонування води.